মস্তিষ্কের স্বাভাবিক বৃদ্ধির বা পরিপক্বতার হেরফেরের কারণেই একটি শিশু অটিজমে আক্রান্ত হয়। কিন্তু কেন এই হেরফের, তা অজানা। তবে গবেষকরা মনে করেন নিচের কারণগুলো অটিজমের জন্য প্রভাবক হিসেবে কাজ করে।

১. জিনগত সমস্যা
২. রোগজীবাণুর সংক্রমণ
৩. শরীরের বিপাক প্রক্রিয়ায় গোলমাল
৪. পরিবেশগত সমস্যা