সেই চিন্তা থেকেই ১৯৪৮ সালে পুরান ঢাকার জনসন রোডে গভর্নমেন্ট আর্ট ইনস্টিটিউট প্রতিষ্ঠা করা হয়। জয়নুল ছিলেন এর প্রথম শিক্ষক। পরে স্বাধীন বাংলাদেশে একই প্রতিষ্ঠানের নাম রাখা হয় বাংলাদেশ চারু ও কারুকলা মহাবিদ্যালয়। ১৯৬৬ সাল পর্যন্ত তিনি এর প্রতিষ্ঠাতা অধ্যক্ষ হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

১৯৪৩ সালের দুর্ভিক্ষে হাজার হাজার মানুষ প্রাণ হারান। জয়নুল আবেদিন দুর্ভিক্ষের ধারাবাহিক চিত্র আঁকেন। তাঁর এই শিল্পকর্ম দুর্ভিক্ষের রেখাচিত্র নামে পরিচিত।